Intéressant. Je me rappelle avoir fait des recherches il y a quelques années et être tombé sur des articles assez injurieux qui portaient justement sur ces querelles de restauration.
Mais ça rappelle surtout à quel point le travail de restauration est compliqué et à quel point il est difficile de pouvoir prétendre reconstituer une œuvre dans sa forme originale, a fortiori quand on a un film comme l'Atalante où Vigo n'a pas pu donner son mot sur la version finale. Par exemple, dans ton lien, sur la scène de la lutte (que j'adore d'ailleurs vu que Michel Simon y cite plein de lutteurs alors connus mais un peu oubliés aujourd'hui), l'ajout du trucage pose problème... Soit on respecte la volonté de Vigo (mais qui dit qu'il l'aurait fait comme ça?), soit on conserve le plan tel qu'il a finalement été fait. Difficile de dire quelle alternative est la meilleure, c'est subjectif (même si perso je pencherais pour la version d'Eisenschitz). Et bon, quoi que l'on fasse, on aura toujours une reconstruction, avec ses choix et les défauts qui en résultent.
C'est pour ça aussi que je trouve dommage que la version qui est effectivement sortie à l'époque ne soit jamais diffusée; après tout elle serait nécessaire à voir pour comprendre ce que les spectateurs ont vraiment vu à l'époque. Et ça permettrait aussi de mieux saisir l'importance des restaurations.