Soit tu utilises les fonctions de base du plugin Factions pour le configurer de telle sorte à ne l'avoir que dans un seul un monde (ce qui est totalement faisable mais assez compliqué si l'on ne s'y connait pas un minimum
), soit tu passes par une autre alternative comme celle-ci:
http://dev.bukkit.org/bukukkit-plugins/perworldplugins/
Ce plugin va te permettre de désigner les plugins actifs dans chacun des mondes de ton serveur 