In game : de l'eau, c'est le seul moyen d'empêcher les dommages infligés au terrain. Une entité (Creeper, TNT ...) dans l'eau explosera, infligera des dommages aux autres entités, mais pas aux blocs.
Par commandes : /gamerule mobGriefing false, ça empêchera pour la totalité du monde les blocs d'être détruits par les mobs (creeper, endermen ...) mais pas moyen de définir une zone précise avec ça
Par plugin : Worldedit + Worldguard. Ça fait un moment que j'y ai pas touché, mais regarde leur wiki. Il faudra définir une zone et modifier ses flags en fonction.