C'est justement le contraire qu'il faut faire...
Dans le sens où tes applis sur la même partition que le système gagneront légèrement en perfs, et sur l'autre partition tu mets tes docs voire tes jeux, qui perdront légèrement en perf de chargement (en aucun cas tu perdras des FPS).
Tout ça pourquoi ? Si jamais ta partition système a un souci quelconque, tu ne perdras pas tes docs comme un con... Des applis ça se réinstalle (en plus de tenir moins de place).
Même si le mieux est d'avoir tes docs à deux emplacements différents (deux disques différents)...
Bref, C => système et applis, D => jeux et docs.
De plus, pourquoi déplacer Java qui ne prend que quelques Mo ?! Question subsidiaire qui ne change rien au schmilblick.
PS : la lettre C est réservée au système sur Windows, si tu le mets sur le D par un joli bricolage, tu peux avoir des soucis de stabilité. Déconseillé fortement !