Le tilde permet d'avoir des coordonnées relative au joueur ou au bloc de commande qui utilise la commande.
Par exemple, "/setblock ~ ~ ~ minecraft:air 0" va... détruire ton bloc de commande si tu entres ça dedans.
Les coordonnées d'un bloc sont légèrement différentes de celles du joueur. Si je me souviens bien, il faut se placer sur le coin nord-est d'un bloc pour avoir ses coordonnées.
Ou alors de prendre le coordonnées de joueur et, en fonction du signe de celles-ci, appliquer la correction nécessaire (suffit de tester une fois puis c'est toujours la même correction à appliquer).