Salut Lowed,
Je ne suis pas un expert dans la modification de texture mais ton problème semble venir d'une non gestion de la transparence pour certains objets.
Personnellement j'utilise Gimp qui prend en charge les fonds et contours transparent.
J'avais eu ce genre de problème à peu prés similaire, sous photoshop il m'avait supprimer une texture du contour de l'herbe: Résultat des contours d'herbes inexistants donc totalement transparent.
La texture de torche doit être dans un cube 16x16 mais transparent pour ne garder que la torche même et non un cube blanc avec une torche.
Voila je ne suis pas certains d'avoir juste mais c'est tout ce que je peux faire.