Déjà que rien n'apparaisse dans la corbeille, je pense que c'est Minecraft qui c'est alors remis en config par défaut tout seul...Mais je savais même pas qu'il était capable de le faire :\.
Ça peut arriver sur certains jeux, notamment les jeux steam par exemple. Mais généralement, ils font ça si ils leur manquent des fichiers, ou que des fichiers sont corrompus (ou jugés comme tel).
Il y avait quoi de marquer sur la fenêtre de mise à jour Minecraft ?
Sinon la solution de tech_e_coyote consiste à une restauration système date antérieure.
Cherche sur google (en précisant ton OS et sa version) et tu devrais trouver très vite.
Mais tu perdras TOUT les changements entre aujourd'hui et la date de la restauration, et je dis bien TOUT : nouveau fichier, historique, programme, ...
Conseil :
si tu bidouille les fichiers du minecraft.jar, il est impératif de faire un backup du dossier world (ailleurs que dans le minecraft.jar)