Tout d'abord pour sont serveur minecraft, il faut Bukkit pour mettre des plugins sur votre serveur et l'améliorer.
Bukkit 1.4.6 : http://forums.bukkit.org/threads/craftbukkit-1-4-6-r0-3-is-now-available.119616/
Ensuite, il faut faire le run.bat, cela servira a lancer le serveur.
Faite un bloc-note, ensuite dedans écrivez ceci :
java -Xms1024M -Xmx1024M -jar craftbukkit.jar -o true
PAUSE
Faite Fichier, Enregistrer sous et modifié le nom en run.bat
Il vous faut aussi hamachi evidemment 
Telecharger le ici : http://www.01net.com/telecharger/windows/Utilitaire/reseau/fiches/38886.html
Avant le lancer le run.bat renommer bukkit 1.4.6 en craftbukkit pour être reconnu par le run.bat .
Ensuite lancer le run.bat et vien la configuration du serveur !
Suivez ceci :
generator-settings=
allow-nether=true [True = Nether activé et false l'inverse]
level-name=world [Laisser]
enable-query=false
allow-flight=false [False = Fly pas autorisé / True = Autorisé] Laisser false pour les cheateurs.
server-port=25565 [A laisser]
level-type=DEFAULT [DEFAULT = Map normal / FLAT = Map plate ]
enable-rcon=false
level-seed=
server-ip= [IP Hamachi]
max-build-height=256
spawn-npcs=true
white-list=false
spawn-animals=true
snooper-enabled=true
hardcore=false
texture-pack= [Site si vous voulez un texture pack du serv]
online-mode=true [True = Version premium / False = Version cra cké]
pvp=true [True = activé / False = desactivé ]
difficulty=1 [1=Easy / 2=Normal / 3=Hard]
gamemode=0 [ 0 = Personne GM / 1 = Tout le monde GM ]
max-players=20 [Par default 20 slots. C'est pas mal ]
spawn-monsters=true
view-distance=10
generate-structures=true
motd= [Ce qui est écrit dans la selection des serveurs multijoueur ]
Attention, si vous etes sous version cra cké il faut remplacer dans le run.bat le True par False. 