Pour être bien sûr de ne jamais avoir de souci, le mieux à faire c'est de copier ton fichier .minecraft avant de faire la MAJ. Je le fait depuis la 1.2.4 et depuis plus de soucis. Pas de conflits avec des mods ni rien...
Pour accéder au fichier faut aller dans le menu démarrer, ensuite taper %appdata% dans "rechercher les programmes et fichiers" pis faire un simple copier coller dans un dossier.
Et zou! It's done.