Ou comme moi tu passes par le luncher magicluncher, ce dernier te permet d'indiquer les fichiers ZIP/JAR des mods à utiliser. Tout simplement tu télécharges modloader et autres qui DOIVENT se mettre dans minecraft.jar, tu met où tu le désires (je te conseil un dossier "mods_internes" dans le répertoire du jeu), puis tu vas dans magicluncher sur setup, tu cliques sur add et choisi les mods, il va donc les ajouter à sa liste. Te suffit de jongler avec les flèches pour positionner correctement les mods suivant les dépendances.
Pour ce qui est des mods utilisant Modloader ou encore Forge, ils ne sont pas à mettre dans le minecraft.jar, tu met dans le répertoire mods du jeu (dans le .minecraft), magicluncher les reconnaitra automatiquement (et te permet en plus de les désactiver si tu le désires).
Ainsi, pas de minecraft.jar à modifier et pas de META-INF à supprimer ou de patchs à appliquer si tu utilises un pack de texture, car tout est réalisé automatiquement par magicluncher et ton minecraft.jar reste parfaitement clean.