Moi il y a ça
@ECHO OFF
SET BINDIR=%~dp0
CD /D "%BINDIR%"
"%ProgramFiles(x86)%\Java\jre7\bin\java.exe" -Xmx1024M -Xms1024M -jar craftbukkit.jar
PAUSE
Essaye
Je suis sur windows 7 x64 et c'est surement le jre7 qui change tout
essaye avec
%ProgramFiles(x86)%\Java\jre7\bin\java.exe" -Xmx1024M -Xms1024M -jar craftbukkit.jar nogui
PAUSE
C'est surement que tu as maintenant la version jre7 et non jre6 