Ça dépend, parfois il faut juste changer les références aux ID de blocs ou d'Item. C'est ce que j'ai fait pour utiliser Power Craft Factory avec Better Than Wolves.
Mais aussi, c'est simplement parce que 2 mods utilisent le même fichier .class, et là à moins de s'y connaître en programmation java, y'a rien à faire.