Pour que vos NPC se sauvegardent, il faut que le plugin "citizens" soit couplé avec le plugin "Vault" !
Vous pourez le télécharger ici => http://dev.bukkit.org/server-mods/vault/files/29-vault-1-2-15/
Après l'avoir mis dans votre dossier plugin tout marchera comme il le faut ;) !