Le mieux c'est de prendre ton courage à deux mains et de te plonger dans ce lien : http://wiki.sk89q.com/wiki/WorldGuard
Sinon en bref, tu sélectionnes ta zone avec worldedit comme tu as dit, tu la définis comme région via "/region define" (/region define chaussepied définira la zone comme une région nommée 'chaussepied'),
puis tu poses le drapeau approprié avec "/region flag chaussepied"
(/region flag chaussepied blocked-cmds give
interdira donc la commande "/give" dans la région "/chaussepied").
Voilà.