Sur le Twitter officiel du Bukkit tu peux avoir toutes les infos dont t'as besoin
Voici le dernier serveur fonctionnel en date, fonctionnant avec la 1.3 :
http://jenkins.lukegb.com/job/dev-CraftBukkit/432/artifact/target/craftbukkit-0.0.1-SNAPSHOT.jar
Suffit de créer un fichier .bat à côté, du type :
@echo off
java -Xms1024M -Xmx1024M -jar craftbukkit-0.0.1-SNAPSHOT.jar nogui
pause
Et ton serveur tourne, c'est tout con.
A partir de la, oui, tu peux juster changer le fichier serveur existant, ça devrait tourner sans soucis, mais pense à faire des backups de tes maps. 