La génération 2, Yugioh GX :
Pas très aimé par les fans, pas beaucoup de nouveautés, et un héros horrible du nom de Jaden qui aime bien me faire vomir mon bol de céréales le matin sur Gulli. 
En outre, la saison met l'accent sur les fusions, mais y'a pas grand chose à dire, et je regardais pas, donc suivant...
La génération 3, Yugioh 5d's :
Révolution, ma saison préférée. Alors ça va sembler très bizarre, mais les duels se font...sur motos. 
Ne crachez pas tout de suite votre jus de fruit, actuellement ça donne à l'anime une toute nouvelle dynamique lors des Turbo Duels (duels à moto), duels très présents dans l'anime et peu présent dans le vrai jeu.
Les spécificité du Turbo Duel sont qu'à chaque tours, le joueur gagne un "speed counter", qui lui permet d'activité des "speed spell". Les speed spell sont comme les cartes magiques normales, mais ne peuvent s'activer qu'avec un certain nombres de speed counter.
Dans la saison trois, retirer plusieurs speed counter permet de piocher des cartes supplémentaires, ou encore d'infliger des dégâts direct à l'ennemi. Le nombre de tour devient donc important.
Deuxième point qui rend Yugioh 5d's si epic, se sont les invocations synchro. Plutôt que beaucoup de parlote, je vous laisse voir par vous même. 
http://www.youtube.com/watch?v=udLfkAQ0HY8
Loin d'être la meilleure, mais les autres vidéos font dans les 4 minutes... 
Donc le principe, c'est d'avoir un monstre dit "tuner", et des monstres normaux. Les étoiles (vous savez, ce qui permettais avant de savoir combien de sacrifices il fallait pour une invocation
) du tuner et les étoiles des monstres normaux s'additionnent, et elles permettent d'invoquer un monstre dit "synchro" du nombre d'étoile égal au total.
Pour donner l'exemple de la vidéo, le héros fait une synchro avec 2 monstres de 3* et un monstre de 2*, pour invoquer un monstre synchro qui en fait 8 (soit 3+3+2
).
La génération 4 Yugioh Zexal :
Elle vient de sortir y'a même pas un mois, j'ai vu les deux premiers épisodes. Ici, plus de synchro, mais des "invocations exceed". Pour faire ces invocations, il faut faire fusionner deux monstres ou plus du même nombre d'étoiles. Alors, on peut invoquer un monstre exceed qui a le même nombre d'étoiles que les monstres fusionnés. Ce monstre dispose "d'overlay unit" dont le nombre est équivalent au nombre de monstres fusionnés. Les overlay unit permettent l'activation d'un effet propre au monstre invoqué.
Et en plus de ça, y'a évidemment des milliers de cartes qui sont sortis au fil des épisodes. 