alors déjà, tu peux stopper la croissance de tes villes dans l'écran de chaque ville. ça permet d'éviter le malheur lié à la population trop nombreuse
ensuite, tu peux adopter la doctrine piété qui aide pas mal à gérer le bonheur
enfin, tu peux construire les bâtiments de bonheur (cirques, colisées, etc.) ou construire quelques merveilles de bonheur (je ne sais plus lesquelles)
puis les ressources de luxe évidemment, via les échanges diplomatiques si tu n'en as pas assez sur ton territoire ou via l'expansion territoriale (achat de cases, pas en créant des villes)
sinon, bah au pire, offre ta ville la plus pourrie à une civ adverse, ça calmera déjà la population malheureuse, qui augmente aussi si tu as plusieurs villes, même si pas forcément peuplées. En général d'ailleurs, ta civilisation sera plus heureuse avec une ville de 2 habitants que 2 villes de 1 habitant chacune, et c'est encore plus prononcé si tu joues avec Ghandi (2 fois plus de mécontents à cause du nombre de ville, mais 2 fois moins à cause de la population)