Après des heures de recherches et d’expériences, j'ai enfin trouvé la source du bug !!!! 
Je me suis d'abord rendu compte que ce bug n'arrivait qu'après une déclaration de guerre. A cet instant, tous les territoires autour des unités ennemis ne sont plus considérés comme nous appartenant, et cela jusqu'à la prochaine déclaration de guerre.
La seule solution que j'ai trouvé pour l'instant est de déclarer la guerre à une civilisation se trouvant très loin. Comme ça, le bug se réinitialise sur les troupes de celle-çi.
Mes explications ne sont peut-être pas très clair, mais essayer toujours, ça marche !