Non Naruto n'a pas battu l'équivalent du Rikudo Sennin, il a vaincu les 6 Pain un par un (et encore, il a été largement aidé...), chaque corps représentant un des 6 royaumes/voies/chemins.
Vaincre quelqu'un qui possède les pouvoirs des 6 royaumes en un seul corps, c'est largement plus difficile.
Et je vois pas pourquoi tu dis que Nagato est la 3ème étape vu que Madara dit "Tu es le 3ème Rikudo", et pas la 3ème étape...