Tu peux chercher, à aucun moment Pain ne dit "Tu as enfin compris, mais il est trop tard !"
Mais franchement Pain est pas un type bête à ce point, imaginons un instant qu'il ait compris que Jiraiya ait découvert son secret, Jiraiya transmet un message à Konoha.
C'est quand même EVIDENT pour n'importe quel ninja doué d'un cerveau que ce message détient justement le secret.
Donc Jiraiya transmet le secret à Konoha, Konoha est donc au courant pour le secret, et quand Naruto lui dit qu'il connaît le secret, Pain est surpris.
C'est logique ?
Si Pain savait que Jiraiya avait découvert son secret, sachant que Jiraiya a envoyé le message codé, alors Pain savait que les ninjas de Konoha était au courant de son secret.
Or, Pain est surpris que Naruto soit au courant, donc il savait pas que Konoha était au courant de son secret, ce qui veut dire qu'il savait pas que le message codé contenait son secret.
Ou plus clair : il savait pas que Jiraiya avait découvert son secret.