Non, Pain c'est les 6 marionnettes.
Contre Jiraiya il dit même "Pain, c'est le nom qui nous désigne tous les 6", les 6 uniquement.
Nagato c'est celui qui les contrôle, Naruto n'a jamais affronté Nagato, il a affronté Pain Rikudô, bravo à lui parce qu'avec l'aide de ne je sais pas combien de personnes à grâce à uen chance hors-du-commun (Tendô incapable de se battre pendant que 3 ou 4 corps se font tuer) il a réussi à le battre, mais jamais il n'a affronté Nagato.
C'est comme si on disait que celui qui arrive à battre toutes les marionnettes de Sasori a battu Sasori, bah non, il reste encore le vrai qui a ses propres techniques.