On le sait déjà comment.
Au début des shippuden, on nous apprend que lors des 2 années et demies où Naruto a suivi son entraînement poussé avec Jiraya, Kakashi lui est resté s'entrainer et à repousser au maximum les limites de son sharingan à 3 branches, développant son Mangekyou Sharingan.
Etant donné qu'il n'est pas un Uchiha, lorsqu'il utilise le dojutsu relative à son MS, Kamui, il est cloué au lit pendant des jours.
Je considère qu'il n'y aura pas d'autres explications à cela. Ceci parait logique. Kakashi est un ninja doué, et ce depuis l'enfance.
Pas besoin de rappeler son parcours (Anbu, Juunin, presque Hokage,...).