On sait pas trop en fait!
Soit c'est via Madara, mais à la base, il n'a pas l'air d'être le 7ème Pain comme Nagato, et là il transmetterait ses pupilles aux autres corps.
Soit il a implanté le second Rinnegan qu'il à un des jinchuriki puis un sharingan de sa collection, et il a mis ce jinchuriki comme 7ème Pain e c'est lui qui transmet ses pupilles.
Etc..
On ne sait pas trop comment il fait.