Pour moi c'est simple,le kyubi est le démon renard disposant d'une quantité de chakra phénoménale.
Lorsque Naruto tente de contrôler kyûbi il absorbe son chakra (3 queues)mais aussi son esprit (surtout à partir de la 4ème queue) déjà la base c'est que la puissance de kyûbi est divisé en deux parties:le "chakra" et "l'esprit",naruto draîne son chakra mais par la même occasion sa volonté.Le but de naruto est de s'emparer du chakra,bien evidemment ce n'est pas un renard géant qui est dans le ventre de naruto et on dit bien que le démon pourrait de nouveau renaître..."receptacle" "chakra" "esprit" "renaissance" ,correspond bien à l'évolution de kyûbi lors de la sortie des queues,et puis il n'y a aucun intérêt a exhiber un squelette si kyûbi était uniquement une énorme quantité de chakra qui prend forme,ce qui a déjà été montré plusieurs fois des "sculptures" de chakra de kyûbi dailleurs.Sinon je vois mal deidara ou tobi posé tranquille sur Sanbi sans se "brûler" et qu'il soit inconscient n'y change rien;
Exemple:Si naruto pourrait dormir avec le "manteau du démon renard",je pense qu'il serait tranquille 
Et je ne vois pas comment cette masse de chakra reste formé si ce n'était que ça.A entendre certains,Sanbi ayant perdu aurait du se volatiliser n'ayant plus assez de chakra...
Et puis on dit bien "manteau du démon renard" je crois qu'on se contenterai de dire "kyûbi" si tout n'était que questions de chakra.
Alors bref c'est peut être du chakra mais rien ne peut dire que le kyûbi n'est pas un animal.
Derrière ses barreaux tout était déjà une question de volonté,le squelette qui apparaît et disparaît,cela pourrait également dépendre de qui prend le dessus sur l'autre,tout simplement.
Bee a montré la voie à naruto,kyûbi est sortit de sa cage,là,tout est encore que volonté et spirituelle.Mais agit une fois de plus en conséquent dans le vrai monde,comme le manteau du démon renard qui est déjà visible aux yeux de yamato et bee.
Et pour finir,je ne crois pas du tout au kushina qui sera aux côtés de naruto pour l'aider à contrôler son bijuu à chaque besoins.