Je crois que Nagato ne peut remarcher même étant à l'état de zombie car de son vivant, il a utilisé le Gedo Mazo face à Hanzou lorsqu'il était encore avec Yahiko et Konan à Ame.
D'où l'origine de ses pics dans le dos.
Orochimaru a su récupérer l'usage de ses bras lorsqu'il a transféré son âme du corps malade de la jeune fille à celui d'un garçon (je crois bien que c'en était un). Pourtant, Sandaime Sarutobi avait bien scellé ses bras auprès du dieu de la mort.
Ça devrait un peu être pareil pour Nagato qui s'est vu "crucifié" lorsqu'il a utiliser le jutsu du Gedo Mazo (plusieurs pics dans le dos et perte de l'usage de ses jambes au fil du temps).
Mais il y a une partie qui reste inexpliquée.