En réalité, tu peux conserver les armes données pour les missions (ça n'arrive pas souvent, mais quelques missions) : il suffit de ne pas rendre la mission 
Cela dit, tu n'as rien perdu : cette arme du docteur semble "badass" comme ça, mais en réalité elle est vraiment pas terrible.
Sinon sache qu'on peut "tagger" des équipement de son inventaire afin de ne pas se mélanger les pinceaux et les revendre par inadvertance une fois qu'on a un gros inventaire.
ça permet de mettre une petite étoile ou un symbole à côté de l'arme, comme pour la mission.