Première chose : Wrath veut dire littéralement Courroux et non colère.
Ensuite, pour l'histoire, c'est sinmple :
L'apocalypse était programmé depuis longtemps. Malheureusement, qqu'un ou qqchose l'a déclenché beaucoup trop tôt par rapport à la date prévue.
Le conseil du ciel, ou dieu et ses anges si vous préférez, sont alors mécontent, accusent à tord les 4 Cavaliers de l'apocalypse de l'avoir déclenchée trop tôt, et les bannissent des cieux.
Sauf qu'évidement, ces 4 derniers n'y sont pour rien, et clâment leur innocence. Le conseil des cieux leur accorde alors un délais et les renvoie sur Terre (ravagée par l'apocalypse) pour leur permettre de prouver leur innocence.
Dans Darksiders : Wrath of War, on incarne donc War, qui est chargé de prouver son innocence dans cette affaire de fin du monde prématurée.
On se retrouve donc sur Terre à chercher des indices pour prouver notre innocence, et pour trouver qui est responsable de l'apocalypse. La Terre étant devenu un champs de bataille entre forces célestes, et forces démoniaques, War se retrouve au milieu des 2 camps, et commence alors sa quête de vérité.