Oui, il serait alors un produit des expériences du temps où Kanou bossait au CCG, et de là lui vient sa fidélité indéfectible ( il se pourrait que les expériences étaient telles qu'il aurait dû mourir, et que Kanou l'aidait de temps en temps ). Au moment où le doc' s'en va, il s'assure d'être au courant de tout en plaçant une taupe au CCG ( Arima ), Il se cache et continue secrètement ses recherches sur les goules avant d'entrer en contact avec les clowns. Ceux-ci lui fournissent le parfait sujet d'expérience, une goule de rang SS : Rize. Pour tater le terrain avant l'opération sur ses filles, Kanou effectue une greffe des organes de Rize sur le garçon en état critique dans la même ambulance : Ken Kaneki.
Plus tard, dans la phase 2 du manga, on s'apperçoit que le doc' a des contacts quasiment partout, une autre taupe au restaurant goule ( ladite Madame "A" ) par exemple. Menacé par le groupe de Kaneki et par le CCG de plus en plus suspicieux, il entre en contact avec Aogiri et son chef : Eto. Ceux-ci lui offre protection contre soldats potentiels.
Par contre, dans un cas de figure pareil, c'est complètement incohérent que Arima veuille sauver Kaneki. Outre le fait qu'il le "tue", Ken est quand même le gars qui a foutu en l'air la majorité des projets du doc', sans parler du bordel sans nom. Donc, Kanou a très certainement des plans pour Kaneki, et tout porte à voir qu'ils n'ont rien à voir avec Aogiri / les Clowns / le CCG : il veut probablement faire de lui son instrument de guerre, se servir de lui pour se débarasser des gêneurs comme One-Eyed Owl, Uta, les Specials Class.
Vu comme ça, cela se tient.