Il y a plusieurs causes...
La première, et la principale, c'est que l'infection serait partie du Siège Etatique, où il y avait des expériences.
Si j'ai bien compris, dans l'épisode sur Ipod, l'héroïne reçoit l'ordre d'aller couper le courant pour que les nécromorphs ne puissent pas sortir. Cependant, en faisant cela, les volets de quarantaine ne sont plus activés, et donc les nécromorphs se répandent dans la station.
La deuxième partie concerne l'Ishimura. Comme on l'apprend dans le jeu, tous les nécromorphs présents sur le vaisseau dans le 1 ont été réduits à l'état de "soupe de chair" lorsque le monolithe d'Aegis 7 a envoyé son rayon. Ces "flaques" contenaient encore la bactérie. Lorsque le monolithe vert a été construit, ses effets, qui sont différents du rouge, ont fait que les cellules de nécromorphs se sont réactivées. On a d'ailleurs plusieurs rapports dans l'Ishimura où les techniciens trouvent qu'il y a quelque chose qui cloche, qu'ils entendent "comme des rats dans les murs", etc...
On peut penser qu'une partie de l'infection vient de là.
Ensuite, peut-être que ces deux sont liées, à savoir que des scientifiques ont prélevé des échantillons de la bactérie sur l'Ishimura, le monolithe les a réactivé et les expréiences ont dégénéré, répandant des nécromorphs dans le siège Etatique, puis, quand l'héroine de l'épisode Ipod est intervenue sans le vouloir, dans toute la station.