Après c'est du hasard. 
Chez certains (comme moi), la 3D flatte l'oeil et ne gène absolument pas : Je joue toujours en 3D et je peux toujours voir en 3D lorsque la console n'est pas exactement en face de moi.
Chez d'autres : La 3D peut faire mal au yeux (en même temps, il faut un temps d'adaptation...), voire occasionner des migraines chez certains cas rares et/ou n'est perçue que faiblement.
Le problème, c'est que ceux de la 2ème catégorie, qui restent assez peu nombreux, prennent souvent leur cas pour une généralité.