Si, on peut louper certaines quêtes annexes qui ne seront plus accessibles une fois passé un certain événement. Il est donc conseillé de les faire au fur et à mesure, même si certaines sont assez chiantes car elles obligent à faire pas mal d'aller-retours.
"On est libre" : je ne comprends pas trop la question, mais on n'est pas obligé d'aller directement au lieu indiqué pour faire avancer l'histoire si on préfère s'occuper des quêtes annexes si c'est ce que tu veux dire. (et si la question était "c'est un long couloir comme FFXIII", la réponse est non)
Les levels montent en tuant des ennemis comme dans tout bon A-RPG qui se respecte. Par contre, les compétences (ou plutôt les magies de Weiss) ne s'acquièrent qu'en battant les boss. Et les magies gagnent en efficacité à mesure que le héros monte de niveau.