Ben c'est simple. Link et Tetra ont trouvé après leurs mésaventures de Phantom Hourglass, une nouvelle terre, une nouvelle plaine, un nouveau continent, Link et Tetra s'y installe et remarque la présence de nombreuses personnes déjà. Ensemble, ils bâtissent sur la nouvelle terre la nouvelle Hyrule comme l'avait souhaité le defun Roi d'Hyrule dans The Wind Waker, Tetra prend le titre de princesse du royaume et Link doit chasser une nouvelle menace sur la nouvelle Hyrule. C'est avec un nouveau moyen et des techniques plus avancer que Link parcours et chasse le mal d'Hyrule.