La principale innovation de la Nintendo 64 par rapport à ses concurrentes fut sans nul doute sa manette. Imaginée par Shigeru Miyamoto elle se présente sous la forme d'un trident et il est possible de la tenir de 3 manières différentes. Elle est la première manette à être munie d'un stick analogique (abus de langage d'ailleurs : le stick n'est en réalité non pas analogique mais pourvu d'un ingénieux système de roues codeuses qui transmet donc directement la position du stick de manière numérique, de la même manière qu'une souris d'ordinateur à boule), permettant de se déplacer facilement dans les jeux en 3D. Par la suite, tous les constructeurs intègreront à leurs manettes un ou plusieurs stick analogique, notamment Sony, avec la DualShock, qui seront les premiers. 