Je sais que le sujet date pas mal, mais malgré le patch 1.9 de Bethesda, je me suis confronté également à ces problèmes après m'être remis sur le jeu. Après avoir cherché pas mal sur le net et sans être pouvoir reprendre une save antérieure, voici la solution pour se débloquer dans diverses situations :
Si l'on peut, commencer la quête de purification par Farkas, cela évite le bug si on commence avec son frère Vilkas (la quête disparaît, et on ne peut plus prendre de compagnon, ni empécher le fait qu'il nous suive).
Si vous avez déjà lancé la quête de purification avec Vilkas, ou qu'il est impossible de parler d'abord à Farkas, dans ce cas pour éviter les bugs pré-cités, NE SORTEZ PAS du bâtiment où vous vous trouvez, ni ne faites aucun voyage rapide (pour ne pas bloquer la quête).
Faîtes simplement "setsage cr13 100" dans la console commande juste après avoir accepté la quête de Vilkas et elle se complête automatiquement. Le dialogue pour guérir Farkas est désormais disponible, et cette étape-ci ne bug pas.
L'intérêt de guérir les deux compagnons de la lycanthropie est que vous pouvez vous en guérir juste après (et permet donc de profiter d'un sommeil réparateur avec le gain d'xp que ça donne).