Ce sont les impériaux qui ont gagné la guerre, les Thalmors ont du battre en retraite et abandonner la cité impériale.
Cependant, les Thalmors étant toujours très menaçant (et l'Empire ayant perdu Lenclume au cours de la guerre), l'empereur a du accepter de signer un traité avec eux. D'où la présence des Thalmors en Skyrim et leur interdiction du culte de Talos.
Il ne s'agit en aucun cas d'une alliance, les deux factions se regardent en chien de faïence et guettent le moindre signe de faiblesse de l'autre pour régler leurs comptes.
Pour l'OP : Tous les hauts elfes ne sont pas des Thalmors, il s'agit juste de la faction qui domine leur race.