Avant de jouer tu dois désactiver Steam , ou relancer le jeu , il démarre toujours sous Steam par défaut ce qui empêche SKSE de se lancer .
En gros C 'est ton choix , si tu lances par le launcher tu n'as pas SKSE 
Donc tu configures tes mods dans le launcher Steam , tu coupes Steam et puis tu lances le jeu avec SKSE.
Pour se faire tu mets un raccourci SKSE sur ton bureau