Comme dit plus haut : un mod, dans 99% des cas, ne posera pas de problème au niveau de ta sauvegarde.
Il en existe cependant qui sont mal gérés et, même installés correctement, peuvent rendre ta partie instable/inutilisable.
Regarde bien les compatibilités des mods, qui sont généralement bien fournis dans la page de description, et n'essaye pas d'ajouter des éléments sans avoir les pré-requis. Ou si un même élément est touché par 2 mods à la fois.
Dans tous les cas, si tu ne sais pas trop où aller, fais une sauvegarde de ton fichier Data de Skyrim. C'est une bonne sécurité.
A l'heure actuelle il existe le Nexus Mod Manager qui permet de prendre en charge l'installation des mods. Il faut aimer ne pas pouvoir contrôler la gestion des fichiers, mais ça permet d'être tranquille.
Bon mod à toi ! 