Normalement ça ne devrait pas poser de problème!
SKSE est composé de deux dossiers : Data et src plus 2 dll et un exécutable.
Pour l'enlever :
Si tu l'as installé dans Data c'est simple de l'enlever, supprime le dossier Data dans Data le dossier src dans Data, et dans Data les dll : skse_1_9_32.dll, skse_steam_loader.dll
l'exécutable : skse_loader.exe