"je les ai tous installé avec nexus mod manager"
NMM garde les mods en mémoire dans ses propres dossiers. Si tu n'as pas touché aux dossiers de NMM, il se chargera de tous les réinstaller normalement, comme si c'était leur première installation.
Personnellement, NMM stocke mes mods dans ce dossier (par lui-même j'entend) : C/games/Nexus Mod Manager/Skyrim/Mods
Tu devrais avoir quelque chose d'équivalent.
S'ils sont bien là, tu ne devrais pas avoir de problème particulier en te contentant de réinstaller le jeu uniquement sans te préoccuper des mods, selon la manière dont je comprend le fonctionnement de NMM du moins... Ce que je dis là est la méthode qui me semble est la moins "prise de tête".
Ensuite, c'est vrai, ton idée de copier le dossier data moddé pour le fusionner ensuite avec le data tout neuf devrait marcher, mais j'ignore totalement comment NMM réagira à ces changements (s'il détecte la manœuvre bien sûr). 
Au pire, copie ton data moddé au cas où NMM ait décidé de contredire ma vision de son fonctionnement écrite plus haut, juste "au cas où" quoi, par prudence... 