Perso, je n'utilise jamais le bouton "download via manager", je fais toujours en manuel. Simple goût perso. Ceci dit, en partant d'où tu es, voici ce qu'il faut faire :
La petite croix indique que NMM a bien le mod en mémoire, mais qu'il n'est pas installé dans le jeu. Pour ce faire, clique sur le mod en question, puis sur le côté gauche, tu as un bouton avec une pièce de puzzle et une flèche verte pointant vers la droite. Clique dessus, NMM installera le mod. La croix rouge deviendra alors un "V" vert.
Pour désinstaller un mod, clique dessus, puis sur le bouton de pièce de puzzle avec une flèche rouge vers la gauche. Aussi simple que ça !
Enfin, pour supprimer un mod de la mémoire de NMM, la croix rouge est là pour ça.
Ensuite, dans l'onglet "plugins", tu peux arranger l'ordre de chargement des mods. Certains ont besoin d'être assez haut dans la liste, d'autres s'en foutent royalement. Ça, seule la description du mod peut te le dire.
A défaut de comprendre entièrement ce logiciel, ceci suffit-il pour l'instant pour te permettre d'installer un mod ? 