Ca reste bien obscur à mes yeux, l'intérêt est minime. Généralement, si on désinstalle, c'est pour résoudre un problème. Or, il y a Steam qui corrige tout seul les problèmes en vérifiant le cache du jeu...
Enfin bon. Quoiqu'il en soit, si tu désinstalles le jeu, faut que tu veilles à pas supprimer les fichiers liés à tes mods. Sinon il faudra les réinstaller. Même via le NMM.
Concernant les sauvegardes, c'est dans un dossier dans Mes Documents, donc à moins de fouiller là dedans, tu les supprimeras pas.