L'idéal est de repartir d'un Skyrim "propre" oui.
Après pour ce qui est des mods en eux même, tout dépend de la manière dont tu les gèrent.
J'entend par la que si tu est de ceux qui préfère tout faire manuellement alors oui une archive peut être une bonne idée, si tant est que avant de la faire tu prennent le temps de vérifier la compatibilité des mods que tu veux archiver avec les dlc que tu souhaite prendre. Généralement les mods qui on quelque chose a revoir si dlc il y a, propose en effet des patch de compatibilité que tu devra inclure dans ton archive en prenant bien soins de lire les info fourni (quoi remplacer etc)
Si tu passe par le Nexus mod manager, et que tu fais as fais sa bien (vérifier que les .rar que tu dwl sont correctement agencé, parce que c'est pas toujours le cas), alors une simple désactivation des mods suffira mais tu devra quand même avant de les réactiver vérifier tout comme pour ton archive globale si il n'y a pas des patch de compatibilité a télécharger en plus et si certains mods ne sont pas obsolète.
Le seul bémol du nexus mod manager comparé a une archive globale c'est que NMM ne s'occupe que du fichier Data et de ses sous fichier. Des "mod" comme les ENB par exemple, une partie des fichiers SKSE, qui vienne se placer directement dans le dossier skyrim devront toujours être géré a la main.
Les deux options restent tout a fait valide néanmoins et malgré la petite restriction du NMM j'ai un petite préférence pour ce dernier, si on fait bien attention, il est bien plus simple pour gérer ses mods et s'y retrouver facilement quand on veux enlever/changer/mettre a jour ses mods.