Je préfère installer mes mods manuellement (je les télécharge sur le Nexus).
99,9% du temps, quand tu décompresses le fichier, tu obtiens également un fichier readme qui t'indique la marche à suivre pour l'installer. J'vais tout de même te faire un résumé :
En gros, quand tu décompresses un mod (disons, sur ton bureau), tu vas obtenir un fichier readme, ainsi qu'un dossier Data ou un ensemble de dossiers (Textures, Meshes, Sounds, Scripts, ... ou des fichiers .esp, .esm, .bsa, .bsl).
Si c'est un dossier Data, place le dans ton dossier Skyrim, accepte de joindre avec le dossier Data déjà présent et accepte les overwrites si ils te sont proposés.
Si c'est un (ou plusieurs) des dossiers/fichiers que j'ai listé après, copie les dans le dossier Data, et encore une fois accepte de joindre/overwrite.
Certains mods ne s'installent pas dans le dossier Data (par exemple les ENBs ou SKSE), ce qui veut dire qu'il faudra les placer dans le dossier racine de Skyrim.
Souviens-toi, si t'as un doute, lis le readme 