C'est pas idiot de jouer son personnage, ça renforce l'immersion.
Pour répondre à ta question, l'auteur, tu peux dissoudre la Confrérie noire, en fait tu fait la quête du gosse et tu élimine le premier assassin que tu croise, à savoir [Spoil]Astrid et de là, tu pourra aller faire le ménage dans leur repaire.[Spoil]
Maintenant, pour les voleurs, je ne crois pas, ils sont sans doute considérés comme essentiels dus à leur quêtes (et qu'il n'y a pas de quêtes d'extermination comme pour la confrérie) donc tu ne pourra pas les tuer.
Mais si tu est sur PC, il y a un moyen, tu installe un mode qui te permet de tuer tout le monde, même les essentiels. Mais je te conseille de l'enlever après avoir fini le travail^^