Effectivement ichigo_974 a raison : changer ne serait ce que le sexe peut perturber gravement les perks.
Curieusement je suis arriver à changer le sexe sans modifier les perks en faisant dans un premier temps l'opération par la console sans rien changer seulement le nom évidemment puis en recommencant l'opération avec modif et là pas de modif de perk et pas de niveau +1. Il a seulement fallu la mettre à poil et la rhabiller pour réactiver les caractéristiques de l'armure.
pas très catholique quand même et si vous voulez modifier l'aspect de votre perso pensez à faire une sauvegarde permanente et à bien noter certaines valeures de perk, pour voir s'il y a eu changement ou non.