Tout dépend des skills en fait.
Il y a deux catégories de skills, les skills passifs (représentés par un A dans un cercle vert) et les skills à activer (représentés par un C dans une croix verte).
Les skills passifs fonctionnent tout le temps. Cependant, il faut que le personnage en question soit au bon poste (par exemple, un personnage qui a un skill qui rend plus efficace les réparations des vaisseaux doit être dans un des postes de maintenance.) De toutes façons, généralement, ceux qui ont une capacité passive pour quelque chose ont des stats élevés pour le bon poste.
Les skills à activer ne peuvent être utilisés que si le personnage est 1er officier. Il ne peut donc y avoir qu'un seul skill à activer (le spécial 2) qui puisse l'être à la fois (mais tu peux toujours changer de 1er officier dans un spatioport).
Au passage, c'est pareil pour tes vaisseaux, sauf que le vaisseau doit être ton flagship (le n°1 de ta flotte) pour que sa compétence (le spécial 3) soit activable (pour les compétences passives des vaisseaux, j'ai des doutes, ça m'a l'air un peu aléatoire..)