Je n'en suis pas sûr, mais je ne crois pas que le choix final fasse quoi que ce soit à la tendance d'âme. C'est juste scénaristique je pense.
Perso, je termine très souvent mon cycle en pur noir, puisque je viens juste de faire les quêtes de Meph, et je n'ai pas le souvenir d'avoir entamer un NG+ en blanc ou en neutre.