La différence est aussi énorme qu'entre l'enfer et le ciel. ^^
Pour paraphraser Saint Urbain, les miracles émanent de Dieu, alors que la magie est profondément mauvaise. Cela dit, Saint Urbain n'y connaît strictement rien en magie, donc on peut se passer de son avis. ^^
Plus sérieusement, la différence, c'est que les miracles sont quasiment tous des sorts de soutien, plus ou moins utiles selon le contexte, alors que la magie offre un panel très diversifié de sorts d'attaques et de soutien, de différents types et de différentes puissances.
Chez les miracles, on en retiendra que 3. Colère Divine, le seul miracle d'attaque, très bon à condition d'avoir une stat Foi élevée. Seconde chance, qui redonne 50% des HP total en cas de coup fatal, très bon aussi, et pour tous, indépendamment de la Foi. Et Anti Magie, qui comme son nom l'indique, empêche l'usage de la magie dans un large périmètre autour du lanceur. Très casse couille pour les purs mages qui auraient la mauvaise idée d'être votre adversaire. Efficace également sur les boss.
La grosse différence entre un build Foi et Magie, si l'on se spécialise dans l'un ou dans l'autre (c'est fortement conseillé car les polyvalent ne sont bons nul part), c'est qu'un build Foi aura un style Corps à corps avec des armes Bénies, et ses miracles en soutien (une grosse stat Foi, 40 en Endu, et juste ce qu'il faut d'Intelligence pour avoir assez de MP), alors qu'un Build Magie, aura plutôt un style Moyenne distance, et bombardera les mobs de loin (Grosse Int et Mag, beaucoup moins d'Endu).
Rien n'empêche cependant un build Magie de se battre au corps à corps, et d'utiliser des sorts de soutien, dans un style très proche du build Foi (les armes "Lunes et "du Croissant" sont là pour ça), et rien n'empêche de faire également un pur prêtre, conçu comme un build Magie. Un seul miracle d'attaque, équivalent au plus puissant des sorts de magie, est peut être un peu disproportionné pour affronter tous les petits mobs, mais pourquoi pas.
Au joueur de faire selon ses goûts, car tout est possible dans DS. Pas forcément efficace, mais possible. C'est à toi de voir.