plus qu'une question d'habitude je pense que c'est surtout une histoire de type de jeu et d'adaptation .
par exemple je pense qu'il est bien plus simple et ergonomique de jouer à un STR du style starcraft au command and conquer au clavier plutôt qu'au pad pour la simple et bonne raison qu'un bon joueur (en autres) est celui possédant et gérant ses nombreuses touches raccourcis à la perfection
pour un FPS tout est question d'adaptation à mon humble avis , un jeux comme counter strike est juste injouable avec une manette(j'ai testé sur xbox avec CZ c'est mort ...) en revanche des jeux tel que call of , portal eux sont tout à fait jouable et bien plus encore car ils sont adapté au support console et que le gameplay s'y prête contrairement a un counter
l'inverse existe aussi , par exemple jouer au clavier à un jeux de combat type street fighter ou KOF c'est juste impossible...
et enfin selon il ya des jeux ou c'est une question de gout , par exemple les jeux de voiture type grid ou trackmania, perso j'y joue à la manette car pour ma part c'est un confort en plus (c'est totalement subjectif)ou les TPS genre warhammer , prince of persia (j'ai fait le 3 au clavier et le 4 a la manette) ou la encore l'un comme l'autre à mon avis ne change pas grand chose mise à part le confort et l'habitude de chacun !