Moi je pense que vous vous démerdez mal avec vos sauvegardes ou plus précisément, la sauvegarde auto n'est pas fiable et ça sauvegarde parfois mal et n'importe où.
En faisant des saves manuelles dans des endroits sûrs comme Amanaki ou autre (dans des avant-postes), normalement vous êtes sûr de récupérer intacte votre progression, si vous charger à chaque fois vos save manuelles.